على الرغم من أن لديها الكثير من المزايا، إلّا أنّ وسائل النقل العام لديها أيضا عدد من المشاكل. فعلى سبيل المثال الكثير من سيارات النقل العام مزدحمة مما قد يسهل انتشار الأمراض.
ويمكن أيضاً أن يكون استخدام وسائل النقل العام غير مريح بالنسبة للبعض. وفي بعض المناطق، قد تجد الحكومات أن تكاليف تشغيل وصيانة وسائل النقل العام تفوق الدخل الناتج عنها، مثل ما يحدث في مصر مع هيئة المترو حاليًا.
كثير من الناس يعتقدون أن واحدة من أكبر مشاكل النقل العام هي عدم وجود الخصوصية، ويعتقد البعض أن الحافلات ومترو الأنفاق هي ببساطة مزدحمة جداً. في السيارة الشخصية، من ناحية أخرى، هذا ليس مشكلة عادةً، حيث يمكن للشخص الركوب أو القيادة إلى وجهته دون أن يصطدم أو يحتك عموما بأشخاص آخرين.
الجراثيم هي مشكلة أخرى من مشاكل النقل العام الأكثر خطورة. وبما أن الناس غالباً ما يكونون في مكان قريب جداً من بعضهم البعض، فإنهم أكثر عرضة لخطر الإصابة بمرض عند استخدام وسائل النقل العام مقارنةً بالسيارة الشخصية.
حيث يمكن أن تنتشر فيروسات البرد والانفلونزا، على سبيل المثال، من شخص إلى آخر إما عن طريق الاتصال المباشر مع سطح ملوث أو من الهواء، مثل عندما يعطس الشخص الذي بجانبك. وينصح غسل اليدين أو استخدام المطهر قبل وبعد ركوب وسائل النقل العام.
كما أن التواجد في هذه المنطقة الضيقة مع العديد من الأشخاص الآخرين غير مريح أيضاً بالنسبة للبعض. وغالباً ما يعتبر عدم الراحة هذا أحد مشاكل النقل العام.
أيضا، إذا كان الحافلة أو مترو الانفاق باردة جداً أو دافئة، السخانات أو مكيفات الهواء يمكن تشغيلها في السيارة الشخصية، كما يُمكن في هذه الأخيرة الاستماع إلى الموسيقى أو الأخبار على الراديو أثناء التنقل.
بالإضافة إلى عدم الراحة كواحدة من مشاكل وسائل النقل العام، العديد من وسائل النقل العام تعمل على جداول صارمة، وأوقات التوقف هذه لن تتزامن دائما مع الجدول الزمني للشخص.
أيضا، إذا كان الحافلة أو القطار تتأخر في الطريق، فإنّ جميع الركاب على متنها سيتأخرون عن مواعيدهم أيضًا. أمّا عند استخدام السيارة الشخصية للنقل، السائق هو من لديه السيطرة على أين ومتى يذهب في مكان ما.
واحدة من أكبر مشاكل النقل العام لبعض الحكومات المحلية هي تكاليف التشغيل والصيانة لهذه الأنظمة. وتشمل بعض هذه التكاليف الوقود وأجور السائقين وصيانة المركبات.
وفي المناطق ذات التجمعات السكانية الصغيرة، قد لا يكون الدخل المتولد عن الركاب كافياً دائماً لتغطية هذه النفقات، وستكون هناك حاجة في كثير من الأحيان إلى أموال الحكومة لتغطية الفرق.
